佛与众生，心体是一。而其所受用，天渊悬殊者，以其用心不同之所致也。佛则唯以无缘大慈，同体大悲，度脱众生为怀，了无人我彼此之心。纵度尽一切众生，亦不见能度所度之相。故得福慧具足，为世间尊。
佛与众生，心性本体相同。然而所得到的受用，却有天渊之别。这是佛与众生用心不同所导致的。佛则只是以无缘大慈、同体大悲，度脱众生为本怀，丝毫没有人我彼此的分别心。纵然度尽一切众生，也不见能度的佛与所度的众生等相。所以才会福慧具足圆满，被一切世间所尊崇。
众生则唯以自私自利为事，虽父母兄弟之亲，尚不能无彼此之相，况旁人世人乎哉。故其所感业报，或生贫穷下贱，或堕三途恶道。
众生则只是以自私自利为事，即使父母兄弟这样的亲人，尚且不能没有彼此分别，更何况是旁人、陌生人呢。所以众生所招感的果报，或者生到贫穷下贱处，或者堕落于三途恶道中。
即令戒善禅定自修，得生人天乐处。但以无大悲心，不能直契菩提。以致福报一尽，仍复堕落，可不哀哉。
即使让这些众生以持戒、修善、禅定等来自修，得以生到人天乐处。但是因为没有大悲心，所以不能够直接契入菩提，以致福报享尽之后，仍旧堕落恶道，能不悲哀吗。
是则唯欲利人者，正成就其自利。而唯欲自利者，乃适所以自害也。药师如来本愿经者，乃我释迦世尊，愍念此界一切罪苦众生，为说药师如来，因中果上利生之事，实为究竟离苦得乐之无上妙法也。
所以，只想着利益他人的人，却正好利益了自己；而只想着利益自己的人，却恰恰害了自己啊。《药师如来本愿经》，是本师释迦世尊，愍念娑婆世界一切罪苦众生，而为众生宣说的药师如来因地中、果地上利益众生的事，实在是究竟离苦得乐的无上妙法啊。
众生果能发慈悲喜舍之大菩提心，受持此经，此咒，及此佛名号。推其功效，尚可以豁破无明，圆成佛道。况其余种种果位，种种福乐乎哉。
众生如果能够发起慈、悲、喜、舍的大菩提心，来受持这部经、药师咒，以及药师佛的名号。推究其中的功效，尚且可以豁然破除无明，圆满成就佛道，更何况是种种其他的果位和福乐呢。
然在佛心，固欲以无上觉道，全体授与一切众生。而众生智有浅深，固不得不随其所乐，令彼所求各各如愿也。
然而就佛陀的本心而言，自然是想把无上的觉道，全体教授给一切众生。然而众生的智慧有浅有深，自然不得不随顺众生的喜好，令他们各各所求如愿。
须知药师一经，及与佛号，并其神咒，即释迦药师，所得之阿耨多罗三藐三菩提法。凡至诚受持者，即是以佛庄严而自庄严也。
必须知道，《药师如来本愿经》、药师佛号、药师神咒，就是释迦如来和药师如来，所得的阿耨多罗三藐三菩提法。凡是至诚受持的人，就是以佛陀的庄严而自我庄严啊。
故玉琳琇国师，常持此经，及此佛号，以是禅教律净之总持法门。故受持者，或生净琉璃世界，或生极乐世界。
所以玉琳通琇国师，常时受持这部经，以及药师佛的名号，因为这是禅、教、律、净的总持法门，所以受持的人，或者生到东方净琉璃世界，或者生到极乐世界。
待至豁破凡情，圆成圣智，则直契寂光，东西俱泯。而复东西历然，随愿往生。则与弥陀药师，同归秘藏。是名诸佛甚深行处。
等到豁然破除凡情，圆满成就圣智，那就直下契入寂光真境，东方西方全都泯灭，而又东方西方历然分明，随自己的意愿而往生。与阿弥陀佛、药师如来，同归秘藏。是则名为诸佛甚深行处。
圣聪大师，以心安和尚所书之本，刻板流通。欲令受持者发起正信，祈简明以告之。又此经系唐玄奘法师所译。其八菩萨，但举其目，未标其名。说咒一段，又复缺略。
圣聪大师，将心安和尚手写的药师本愿经本，刻板流通。想要让受持的人发起正信，请我进行简要的说明。另外，这部经是唐朝玄奘法师所翻译的，其中的八大菩萨，只是列举了类目，并没有标出具体名号。而药师如来宣说神咒的一段经文，又省略缺失了。
后之知识，欲令经义完全，故依七佛本愿经，添入说咒一段，共四百二十八字。依灌顶第十二经，添入八菩萨名。以三经原是一经故也。
后来的善知识想要让经义完整，所以依据《七佛本愿经》，添入了说咒这一段经文，一共四百二十八个字。依据《佛说大灌顶神咒经卷第十二》，添入了八大菩萨的名号。因为这三部经，原本就是同一部经。
须知在昔贝叶，唯属钞写，或有遗亡，以致译文全缺互异。后人添入，深契佛心。故诸注者，咸皆宗之。恐以藏本对校，致生疑虑。故并书缘起，以庆完璧云（说咒一段从说咒前复次曼殊室利起，至所求愿满乃至菩提止）。
必须知道，过去的贝叶经，都是用手抄写的。偶尔会有遗漏缺失，从而导致不同版本的译文有的完整，有的缺略，各不相同。后人将缺失的经文补充进来，这样的做法深深契合佛心。所以诸位注释的人，都宗主于这个（补全后的）版本。因为担心后人用大藏经中的版本来校对，（发现内容详简不同）从而生起疑虑。所以在此兼带地叙述其中的缘起，作为经文补充完整的庆贺（宣说神咒一段，指的是从说咒前“复次，曼殊室利”起一直到“所求愿满乃至菩提”为止）。